Nei documenti antichi Fontanarossa è sempre scritto "Fontana Rubea" cioè fontana rossa, tuttavia il Carraro dice che la parola "rossa" sia corruzione di roggia.
Nel “Bollettino Ligustico “ 1956 N° 1-3 il paese è indicato , insieme ad altri limitrofi, come sede di ritrovamenti di reperti di età romana di modesta entità ma che comunque fanno supporre la presenza di insediamenti romani omogenei sui due versanti , piemontese e ligure , della dorsale Antola-Carmo .
Fino alla fine del Medioevo non si hanno documenti e testimonianze sulla storia di Fontanarossa sebbene nel cimitero del paese si possa ancora trovare l'antica chiesa saracena di Santo Stefano costruita attorno all'anno Mille; la chiesa è definita saracena in quanto presenta caratteristiche tali da far pensare che sia stata edificata appunto da saraceni; infatti nel 935 i pirati saraceni del califfo Maliero Muhamond misero a ferro e fuoco Genova e in seguito spinsero le loro razzie fino all'entroterra.Si può presumere che una volta respinti i pirati, delle colonie siano rimaste in Liguria e che, per evitare le persecuzioni, queste si siano rifugiate in borghi che ritenessero sufficientemente isolati; è probabile che uno di questi gruppi di fuggiaschi, all'epoca definiti "marrani", si sia rifugiato a Fontanarossa e qui vi abbia edificato quella che poi sarebbe diventata la chiesa di S. Stefano.
Qualcosa di più sicuro si sa per epoche più recenti . Nel 1197 il paese era soggetto ai Malaspina, potente famiglia ghibellina, e Muso Ferrario e Giovanni di Fontana Rossa erano loro vassalli. Nel 1361 il paese fu ceduto , insieme ad altre terre , a Galeazzo II Visconti , signore di Milano , ed in seguito passò ai Fieschi.
Nel 1515 Fontanarossa era sotto la signoria dei Pallavicini e dei Principi Doria di Genova che la possedettero per secoli e vi costruirono il poderoso “palazzo” che esiste ancor oggi anche se senza l'imponente torrione che l'adornava ; esso fu per lungo tempo “Corte di Giustizia” con tanto di prigioni , trabocchetti , forca e ruota.
Da atti storici depositati presso l'Archivio di Stato di Genova si deduce che a Fontanarossa e precisamente in una sua frazione, le Ferriere, possa essere nata Susanna da Fontanarossa , madre di Cristoforo Colombo, come. attesta anche un'iscrizione su marmo nel centro del paese Nel 1668 il paese apparteneva ai Doria della Cabella e venti anni dopo ne era feudatario Girolamo Spinola; nel 1783 era feudo dei Doria.
In un documento napoleonico della fine del XVIII secolo Fontanarossa è citata insieme a Orezzoli e Pregola quale confine di circoscrizione territoriale e civile. Nella storia recente il paese segue il destino delle vicende italiane ed emiliano - liguri in particolare : passò sotto il Regno di Sardegna , Regno d'Italia , Provincia di Pavia , Circondario di Bobbio , Mandamento di Ottone , Comune di Gorreto che nel 1924 passa sotto la Provincia di Genova ed infine Repubblica Italiana.
Nelle guerre di indipendenza gli abitanti di Fontanarossa diedero il loro contributo all'Italia , uno di essi , Biggi Carlo , partecipò alla spedizione dei Mille con Garibaldi ; ben sette persone morirono nella Prima Guerra Mondiale ed una , Mangini Giacomo , nella Seconda. In quest'ultima guerra a Fontanarossa passarono partigiani e tedeschi , ci furono rastrellamenti , nel paese vennero nascosti ebrei perseguitati e prigionieri inglesi fuggiaschi per i quali i Fontanarossesi corsero rischi enormi ma ebbero modo di dimostrare il loro grande cuore . Nell'ultimo secolo molti abitanti sono emigrati sia verso il Nord America sia verso le più vicine Genova e Milano ma ovunque si sono distinti per le loro laboriosità , tenacia e capacità .Negli ultimi decenni il paese sopravvive soprattutto grazie al turismo che nel periodo estivo fa aumentare la popolazione di qualche centinaio di unità.